Dans une paisible maison de retraite, une vieille dame voit resurgir sur un écran de télévision un homme ressemblant trait pour trait à son amour de jeunesse. Nous sommes en 1984, et le temps, en cette année orwellienne, s'apprête à se disloquer.
Quarante ans plus tôt, en Lituanie, 500 hommes ont été fusillés par les Nazis. La légende raconte que deux d'entre eux réchappèrent au massacre ; nul ne sait qui ils sont, ni s'ils ont réellement survécu, mais depuis, ces deux fantômes hantent une foule de personnages qui n'ont a priori rien en commun. Un biologiste de la faune marine ; une jeune femme perturbée, victime présumée de manipulations mentales dans une secte mormone ; son frère, dans le coma après un accident de moto en Israël ; mais aussi une dangereuse et énigmatique fugitive, traquée par le FBI depuis vingt ans.
A contre-nuit tisse et rassemble les destinées de chacun de ces personnages en une vertigineuse mosaïque, qui révèle peu à peu sa trame, à la fois tragique et transfigurée par le merveilleux.