Le tome II couvre les deux années 1866 et 1867. Zola a quitté la librairie Hachette pour ne vivre que de sa plume. Il publie deux romans : Le Voeu d'une morte et Les Mystères de Marseille, des contes et nouvelles, une nouvelle série de chroniques, Dans Paris (II), une longue collaboration de chronique littéraire et de critique à L'Evénement, sous le titre Les Livres d'aujourd'hui et de demain, et, dans le même journal, une série d'articles de critique d'art, qu'il réunit en librairie sous le titre Mon Salon. Son quatrième roman, Thérèse Raquin, paraît à l'extrême fin de 1867, mais une deuxième édition paraît en avril 1868, précédée d'une importante préface : on le trouvera donc dans letome III.