Garnier fut un des premiers à réagir contre l'influence de la phrénologie de Gall et ses émules. Il pensait que seule la psychologie peut déterminer les qualités primitives et fondamentales de l'âme. Avant d'assigner le siège d'une faculté, il faut avoir constaté l'existence de celle-ci par l'observation psychologique. Pour Garnier, Gall a échoué car il n'a pas développé sa psychologie sur de bonnes bases. C'est dans ce contexte qu'il donne une nouvelle division des facultés de l'âme.