Alexander et Nadia, deux adolescents, accompagnent Kate, journaliste au National Geographic, dans ses expéditions. Ce qui aurait dû être un reportage paisible sur les safaris à dos d’éléphant en Afrique prend une tout autre tournure quand leur avion fait un atterrissage forcé près d’un village bantou dirigé par un prétendu sorcier... Celui-ci sème la terreur chez les villageois et dans le peuple pygmée des forêts alentour, qu’il a réduit en esclavage. Kate prisonnière, Nadia et Alexander s’enfoncent dans la forêt et rejoignent les Pygmées, partis à la chasse à l’éléphant, pour les convaincre de se rebeller...

La Forêt des Pygmées vient clore la trilogie entamée avec La Cité des dieux sauvages et poursuivie avec Le Royaume du Dragon d’or.