Dans les profondeurs de Sidonia, le développement du nouvel hybride, Kanata, entre dans sa phase finale. Mais celui-ci, qui montrait déjà des signes d’instabilité, devient soudain incontrôlable et cause des ravages au sein du vaisseau.

La raison d’une telle dévastation : une nouvelle arme intégrée à son corps, l’émetteur de gravitons. Une arme à la puissance terrifiante, inventée plusieurs centaines d’années auparavant par le professeur Ochiai.