Dix jours à peine se sont écoulés depuis le début du "jeu de la prison". Katsumata est mort, laissant Eyama désormais seul en lice. Ce dernier fait alors une étonnante proposition à son guide Harakawa : aller tuer les hommes qui ont violenté sa partenaire Kirishima, car il les considère comme étant à l'origine de tous ses maux...

Prison Lab n'est pas un manga d'horreur classique. En prenant pour point de départ le harcèlement scolaire, un phénomène de société de plus en plus courant et médiatisé, ce seinen s'intéresse à l'inversion des rôles : quand la victime devient bourreau. Geôliers, partenaires, guides... les destins continuent de s'entrechoquer dans une spirale de sang et de larmes.