Avec l'aide de Ryo, Glass Heart va devoir affronter les assassins de l'unité Qing Long, envoyés par la Zheng Dao Hui (l'organisation qui a fait d'elle une machine à tuer). Pour la récupérer, ils ont envoyé une véritable armée et c'est une guerre des tranchées qui s'organise au coeur de Shinjuku. Mais l'arrivée d'un fantôme de son passé pourrait bien être fatal à Glass Heart.