Poursuivi par les hommes de Léonard de Vinci, Shiro est secouru par Kuroe, qui le conduit chez le politicien Robert Green, membre du conseil d'administration de St Kleio. Ce fervent partisan des clones prend immédiatement des mesures et confie le jeune garçon à la garde de son sauveur. Mais le mal est fait : trahi de tous côtés, Shiro est à présent convaincu qu'il ne peut faire confiance à personne. Pire, il semble frappé d'apathie...

Kuroe décide alors de lui raconter les débuts de l'académie : son arrivée sur le campus, sa rencontre avec Kamiya... et l'incident qui a tout déclenché !