L'Académie Cross est une école bien particulière dans laquelle cohabite la Day class et la Night class, humains et vampires. Pour maintenir l'ordre et éviter les débordements, le directeur a chargé ses enfants adoptifs la jeune Yûki et le taciturne Zero de maintenir la discipline. La jeune fille qui veux voir les humains et les vampires vivre en paix, va devoir faire un choix entre Kaname, le vampire qui lui a sauvé la vie et Zero, son ami d'enfance...