Le conflit à Okinawa prend fin avec la capture de  Chisato, une  magical  girl illégale. Malheureusement, le camp de l’humanité n’a pas triomphé pour autant ; l’ennemi est parvenu à  récupérer  l’artefact offert par le général  Dabila  aux  Magical  Girls. 
De retour à Tokyo,  Iizuka  et l’état-major décident  d’intervenir dans la guerre non-conventionnelle se déroulant dans la partie est de l’Ukraine. L’unité M,  menée par Asuka,  s’apprête donc à s’envoler pour l’Europe où plane l’ombre de l’armée de  Babel. Celle-ci est secrètement entrée en contact avec l’armée russe, avec laquelle elle  semble avoir conclu un pacte.