Depuis que Jiro a fusionné avec une étrange entité du nom de Rago, sa vie est devenue un enfer... Tous les Mononoke veulent l'affronter pour s'approprier la puissance du "Soleil noir', et il a été enrôlé de force dans une mystérieuse organisation, le Bureau des investigations secrètes.

Avec Ichika Kishimojin, une combattante qui ne cache pas son antipathie pour lui, Jiro a rejoint une toute nouvelle unité : "Black Torch' ! Le jeune agent doit encore faire la connaissance de ses autres équipiers, mais déjà la coopération s'annonce difficile...