Après l'attaque perpétrée par Vento, les tensions entre les espers et les magiciens sont plus vives que jamais : la Cité Académique est en passe d'entrer en guerre contre l'Église catholique romaine, ce qui provoque des manifestations partout dans le monde !

Pour l'heure, Tôma et ses amis profitent encore en toute insouciance de leur vie étudiante mais, dans l'ombre, différentes factions se mettent déjà en mouvement. Accelerator est ainsi recruté par une mystérieuse organisation qui combat les innombrables ennemis de la ville... Seulement, le jeune homme est-il prêt à obéir aux ordres sans discuter ?