L'histoire se répète pour Jason Bourne : alors qu'il rejoint son collègue Christien pour récupérer des informations secrètes, il sauve de la noyade un jeune homme devenu, lui aussi, amnésique. Au même moment, Soraya et Peter, directeurs de l'agence de renseignement Treadstone, accueillent dans leurs locaux Dick Richards, petit génie de l'informatique, introduit par le Président lui-même. Rebeka, l'agent du Mossad, découvre qu'elle est recherchée par le Babylonien, le meilleur espion des services secrets israéliens, qui compte bien la supprimer. La raison ? Elle en sait trop, beaucoup trop...
Quel dangereux secret Rebeka a-t-elle appris ? Richards est-il un agent double ? Et qui est Aleph, ce mystérieux amnésique ? Seul Jason Bourne est à même de déjouer les complots qui se trament dans l'ombre. Mais une chose est sûre, il ne faut se fier à personne...